飞行系道馆通过后,在121号道路会遇到火岩队的人,来到水静市后发现城市已经被水舰队占领。到凯那市,在上方的船厂里发现潜水艇被水舰队盗走。飞回水静市,在右上方的水域里可进入水舰队的秘密基地,在深处发现水舰队的首领已坐着潜水艇逃走。到超能道馆,打败馆主,再打败熔岩队,得到潜水术,离开绿岭市,在127号水路使用潜水,在水中一直往下走,进入一个洞窟,发现潜水艇就在这里。
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通关后,你会回到家里。爸爸会给你一张船票,以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视,上面说有不明精灵在芳园地区飞行,妈妈问你是蓝水督还是红水督,你选择哪只,以后就会遇到哪只水督。走出屋子,博士会帮你把图鉴升级为386版,之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。

坐船来到战斗乐园,这里是以前战斗塔的所在地,现已改建为更大的对战地区……这里有7种对战设施,暂时不一一作介绍。在乐园的最右边,会看到一个奇怪的树,对着它使用肥波鲸喷壶,就会出现骗人树,40级。收服骗人树后,在它挡住的地方使用冲浪,一直往左走可进入一个洞窟,在里面有大量的画画犬。

暂时离开战斗乐园,在119号道路的气象台所长那里得知,某号道路(随机变化)的天气有异常状态,之后立即到那条道路。如果那里是出大太阳,则要寻找一个山洞,古拉顿在里面;如果那里下大雨,则要寻找一小块可以潜水的水域,里面呆着海皇牙。两只神兽各70级。

去天柱,2楼需要用快速自行车冲过去(3格加速)。在楼顶有70级的天空之龙。

看过电视后,在芳园地区的某条道路会随机出现红/蓝水督,40级。

三神柱事件:

先去134路,和RS里一样,到一块在急流里可以潜水的地方,到洞底,阅读墙上的文字,再使用挖洞(DIG),门会打开。进门,阅读文字,把321号放在第一位,把369号放在最后再读一遍,会发生地震,所有神柱的门会打开。

1.岩(377):
他的洞在沙漠南边,到了以后,阅读墙上的文字,然后向左走两步,向下走两步,使用碎石(ROCK SMASH)门会开,等级是40
2.冰(378):
他的洞在105路上,到了那里后,阅读文字,然后顺时针围绕洞跑一圈(一定要靠墙)跑完后,门就会开,40级
3.钢(379):
最后的洞在120路上,找到后,读墙上的文字,走到房间中间,使用闪光门就会开,40级

当你收集了100种PM时,博士会给你以下三只精灵的其中一只:
NO.153 小花兽
NO.155 火岚兽
NO.158 小鳄鱼